几种基因组测序类型和食管癌测序现状 - 食道癌症状

TUhjnbcbe - 2021/8/14 20:04:00

近期发表于CriticalReviewsinOncology/Hematology杂志上的一篇综述类文章总结了从至年的14个大型食管癌测序项目的研究结果，并简要介绍了用到的三种基因组测序原理和方法。目前食管癌研究主要涉及全基因组测序，外显子组测序和RNA组测序。但是基本上全为体细胞改变，即以肿瘤组织和正常组织作对照得到的比较结果。外显子组测序的步骤过程如图1所示，和全基因组测序的主要区别在于增加了外显子富集步骤，而后续数据分析过程较为简单。人类基因组大约有1.8*个外显子，30Mb，占全基因组的1%。研究表明，人类85%以上的疾病基因都由外显子碱基突变造成。因此外显子组测序的优点和缺点都很明显，就是效率很高，但是没有覆盖全部突变。NimbleGen和安捷伦（Agilent)是提供捕获芯片的两家公司。图1基因组测序和RNA组测序的异同可以用图2阐释。简而言之就是RNA组测序需要由RNA经过逆转录成cDNA后进行。RNA组测序也可以检测到SNP、INDEL等形式的突变，但是主要是为了提供转录水平数据，而基因组测序还可以得到结构差异和拷贝数差异数据。

图2

所有14个研究项目的结果总结在图3中。从突变基因方面，TP53、NOTCH1、NOTCH3、ZNF、ADAM29、AJUBA、ARID1A、CCND1、CDKN2A、CREBBP、EP、ERBB2、FAMB、FAT1、FAT2、FAT3、FAT4、FBXW7、FOXA3等是突变频率比较高的基因。特别是TP53，在50%的人类癌症中都发现了TP53基因各种形式的突变，并导致下游通路异常。其他部分基因的基本情况如下：

ZNF：锌指蛋白，食道中表达量极显著高于其他组织，其次为皮肤。

NOTCH1：跨膜蛋白。

CCND1：细胞周期蛋白d1，食道中表达量与其他组织相比较高。

CDKN2A：别名p16，周期依赖性激酶抑制子2a。从BE的早期即发生改变直到病变的高级阶段。主要表现为被甲基化，突变比较少见。有些被删除。

ERBB2：该基因为酪氨酸激酶受体，属于表皮生长因子受体家族。

FAT：肿瘤抑制基因，控制细胞增值。

RNA组测序的一个优势是可以发现循环miRNA的表达量改变情况，而循环生物标志物预示着方便快捷的癌症检测途径。基因组测序中发现的拷贝数差异则显示，染色体结构改变较多的区域为3号和11号染色体。本文另一个特色是提供了目前常用的食管癌治疗药物列表，并且详细描述了这些药物所针对的靶标，通常为基因突变导致的代谢通路异常的关键物质。因为药物研发不是我们